มูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี 1961 เป็นองค์กรไม่แสวงหาผลกำไร ต่อมาในปี 1970 มีการปฏิรูประบบการทำงานโดยให้แบ๊บติสต์ชาวไทยได้บริหารงานร่วมกับมิชชันนารีต่างชาติ ต่อมาในปี 1977 มูลนิธิคริสตจักรแบ๊บติสต์ได้รับรองจากกรมการศาสนา และในปี 2002 มูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ได้มอบหมายให้สหคริสตจักรแบ๊บติสต์ในประเทศไทย เป็นผู้แทนในการดำเนินการประสานงานด้านศาสนาในนามของมูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ เพื่อเป็นการแบ่งเบาภารกิจที่มีมากขึ้นตามลำดับจนถึงปัจจุบัน
The Baptist Church Foundation was established in 1961 as a non-profit organization. In 1970, the working system was reformed to allow Thai Baptists to co-manage with missionaries from different countries. Later, in 1977, the Baptist Church Foundation was recognized by the Department of Religious Affairs. In 2002, the Baptist Church Foundation delegated the Baptist Church Union in Thailand to act as a representative in coordinating religious affairs on behalf of the Baptist Church Foundation, to help alleviate the increasing responsibilities up to the present.
ประสานงานด้านศาสนาและดูแลสมาชิกของมูลนิธิคริสตจักรคณะแบ๊บติสต์ ให้การสอนพระคัมภีร์ จัดกิจกรรมให้กับเด็ก เยาวชน บุคคลทั่วไป เพื่อรักษาและสืบทอดศาสนาต่อไป
The Baptist Church Foundation coordinates religious affairs and takes care of its members by teaching the Bible and organizing activities for children, youth, and the general public. This is done in order to preserve and pass on the religion to future generations.